1. Нет, никаких конфликтов быть не должно.
2. Надпись в трее будет выскакивать только в случае, когда устройство на данный USB порт подключается в первый раз.
Отключать устройства просто. Сначала выходите из программы, которая использовала это устройство, затем просто отключаете устройство от USB. Сколько там горит лампочек, грубо говоря, не важно
Кабели от UFS к UniBox не подходят в общем случае. Поэтому для работы через UFS используйте только кабели UFS. Для телефонов С100 и X100 при работе через UFS используется один и тот же кабель с надписью A300 и небольшим "набалдашником" в середине. При работе через UniBox, используются различные кабели.