USB кабель вы подключили к телефону? При прошивке телефонов, включающих APE нужно, чтобы телефон был подключен к компьютеру через USB кабель. Сам семипиновый кабель исправен? Вы его по распиновке проверяли?
А драйверы JAF вы не пробовали обновлять?
http://files.odeon.cn/jaf_usb_driver2.0.rar
Вышел 1.97 beta 5
http://files.odeon.cn/JAF_Main_Software/EXE%20ONLY/